2011年2月10日、A&F・Aviation株式会社として設立され、5月24日にPeach・Aviation株式会社に商号変更した。
当初は全日本空輸（当時）と香港の投資会社「ファーストイースタン・インベストメントグループ（FE, First Eastern Investment Group 第一東方投資集団）」の共同事業として計画され、産業革新機構（官民出資の投資ファンド）が資本参加している。出資額の総計は資本金と準備金をあわせて約150億円（2011年11月30日時点）で、就航開始後3年目での黒字化を目指すとしていた。
2レターコード"MM"は、ピーチの和訳である「桃(MoMo)」、3レターコード"APJ"は「Air Peach Japan」に由来する。桃色と紫色の中間色のフーシア色を基調にしたデザインや、機内アナウンスで関西弁などの方言が使われることもあるのが特徴的である。トータル・ブランディングはシー・アイ・エーが担当し、また、アドバイザーとしてライアンエアーの元会長パトリック・マーフィー（Patrick Murphy）を迎えている。
物販店「Fuchsia by peach」
Peachの大株主であるファーストイースタン・インベストメントグループの会長である諸立力は、2016年9月に「現在のピーチ・アビエーションの企業規模であれば、単独での上場が可能」との見解を示し、具体的な計画はこれからだとしつつ、香港または日本の市場への新規上場による株式公開の実施を検討すると公表した。
2017年4月13日、筆頭株主のANAホールディングスは、産業革新機構とファーストイースタンから一部株式を取得して出資比率を67%に引き上げ、連結子会社化した。2018年4月には、ANAホールディングスの出資比率を77%に引き上げる。ANAグループの各社とはコードシェアやマイレージサービスの連携などは行っていないが、グランドハンドリングの委託や乗務員の訓練など、多方面においての協力関係がある。
2018年3月22日、同じANAホールディングス傘下のバニラ・エアと、2019年度末をめどに統合することが発表された
